La Magistère ne fut longtemps qu'un relais de la navigation fluviale, formé de quelques maisons au bord de la Garonne. Les quais construits en pierre attestent encore l'importance du trafic, qui fut anéanti par le percement du canal latéral et la construction de la ligne de chemin de fer de Toulouse à Bordeaux. Peu à peu un bourg s'étala au long du fleuve sur une longeur de près de deux kilomètres.
Jusqu'à la Révolution l'église paroissiale fut celle de Saint-Jean de Clermont, située au pied du coteau et annexe de Clermont -Dessus. Cependant au début du 17ème siècle, une chapelle fut élevée sous le vocable de Notre-Dame pour la commodité des habitants: elle se trouvait presque au bord de l'eau, à côté du pont actuel. Elle fut agrandie en 1664 par une chapelle latérale dédiée à Sainte Catherine , patronne des mariniers et on y fit dès ce moment des sépultures.Une ordonnance royale du 19 janvier 1782 l'érigea en annexe ; le concordat en fit en 1801 le centre d'une paroisse autonome, dont le titulaire devait être déclaré inamovible par décret impérial du 14 avril 1853.
A causes de ses dimensions trop petites, on décida de la reconstruire. Cette reconstruction envisagée dès 1792, et surtout à partir de 1821, ne fut réalisée qu'en 1825, non sans de nombreuses discussions sur le choix de l'emplacement. Le plan de la nouvelle église a voulu, dans certains de ses détails, s'inspirer de la cathédrale de Montauban, mais il a été modifié et réduit en cours d'exécution. Elle fut livrée au culte le 24 juin 1833 sous le vocable de l'Immaculée Conception. Elle fut très dégradée par les inondations de 1875 et de 1930, restaurée par la suite.
C'est un édifice néo-classique, bâti en briques, sauf la façade, et comprenant une nef de cinq travées flanquée de collatéraux at prolongée par une abside semi-circulaire. L'abside est voûtée en cul-de-four, la nef a une fausse voûte d'arêtes, les collatéraux sont couverts d'un plafond . Les arcades de communication sont en plein cintre. La façade, décorée de pilastres doriques, se termine par un fronton triangulaire orné d'une gloire.
Le clocher, tour carrée coiffée d'un petit dôme métallique, s'eléve au-dessus du vestibule qui précède la nef.
On peut remarquer à l'intérieur les statues des évangélistes en terre cuite, une chaire soutenue par les anges de la Foi et de la Religion, et une large table de communion en marbre imitée d'une église de Florence. On a conservé aux autels latéraux deux tableaux du 17éme S, qui proviennent de l'ancienne église et représentent saint Jean-Baptiste et Sainte Catherine.
La Magistère, qui comptait 1955 habitants en 1848(1153 en 1975), a eu un vicaire jusqu'à une date assez récente. Les soeurs de la Sainte-Famille de Villefranche y fondèrent au milieu du 19ème S. une école de filles qui survécut à la sécularisation.
Le curé écrivait à l'évêché en 1848 que la paroisse se composait en grande partie de mariniers, classe pauvre, et qu'il était obligé de les assister pendant l'hiver au moment où cessait leur travail.
(Extrait de Valence d'Agen al canton de Christian-Pierre Bedel et Jacques Serbat )